Osamu Fujimoto es asesor e hijo del primer ministro al que han asesinado. El suceso, bautizado como el "mayor acontecimiento desde la guerra", hace que Osamu colabore con la Mayor Kusanagi y la Sección 9, para descubrir la verdad detrás del asesinato.
Año 2029. En una enorme ciudad asiática, una mujer robot policía -cyborg- investiga las siniestras actividades de un misteriososo hacker, un supercriminal que está invadiendo las autopistas de la información.
Ambientada en el siglo XXI, Ghost in the Shell se presenta en una primera lectura como un thriller futurista de espionaje, al narrar las misiones de Motoko Kusanagi, la Mayor a cargo de las operaciones encubiertas de la Sección Policial de Seguridad pública 9 o simplemente «Sección 9», especializada en crímenes tecnológicos. La misma Kusanagi es un cyborg, que no solo posee un cuerpo artificial, sino también ha reemplazado la totalidad de su cerebro, lo que le permite ser capaz de realizar hazañas sobrehumanas especialmente requeridas por su labor.
En un futuro no muy lejano, el mundo se encuentra totalmente computerizado. Seres humanos con interfaces y cerebros artificiales se funden con máquinas alcanzando un nuevo nivel de existencia entre el mundo físico y la red digital. Para combatir los crímenes relacionados con las nuevas tecnologías ha sido creada una fuerza de choque antiterrorista con individuos 'mejorados' capaces de perseguir toda clase de criminales tanto en el mundo real como en el virtual. La Teniente cyborg Motoko Kusanagi y sus compañeros de la Sección 9 deben resolver una delicada crisis de rehenes, detener un tanque de asalto de última generación fuera de control y determinar la causa de los misteriosos suicidios de una serie de robots obsoletos. Todo ello antes de afrontar el desafío sin precedentes del esquivo pirata informático conocido como el 'Hombre que ríe'. 2ª Temporada:Poco después de los incidentes de El Hombre que ríe, la Mayor Kusanagi y el resto de la Sección 9, la fuerza de choque antiterrorista tecnológicamente más avanzada de Japón, vuelve a la acción con nuevos casos. Revueltas relacionadas con la gestión de una ola de inmigrantes asiáticos amenazan el escenario político y el nuevo Primer Ministro llama a la Sección 9 debe detener a un asesino que elimina a oficiales de alto rango, superar a un habilidoso ladrón y desentrañar la razón por la que un helicóptero de alta tecnología se ha vuelto loc. Y todo ello mucho más atados en corto que de costumbre bajo la supervisión del misterioso agente de inteligencia conocido como Gohda...