"Summer Wars" gira en torno a Kenji Koise, un joven de Tokio de carácter reservado de diecisiete años al que le apasionan las matemáticas y la informática. Llegadas las vacaciones de verano, es invitado por la chica más popular del instituto, Natsuki Shinohara, a pasar el resto de las vacaciones en casa de su familia en un pueblo de Nagano. La razón de la repentina y sorprendente invitación de Natsuki a casa de su familia es que esta bella joven le prometió a su bisabuela que por su 90 aniversario le presentaría a su novio, haciendo a Kenji pasarse por él. La bisabuela de Natsuki, Sakae Shinohara, es una enérgica anciana de gran influencia en el gobierno y los círculos financieros de la zona que representa a la décimosexta generación de la familia Jinnai. La misma noche de la llegada de Kenji a la casa de la familia Shinohara, éste recibirá por mail en su portátil una serie de símbolos misteriosos que intentará descifrar inmediatamente. Al día siguiente, el mundo parecerá haber cambiado radicalmente, y bajo el mando de la bisabuela de Natsuki, Kenji y todos los miembros de la familia Shinohara se unirán para hacer frente a esta crisis de lo más singular.